無菌均質器可有效的分離護體樣品表面和被包含在內的微生物均樣品。可以保護一些無污染的食物和樣品，這樣就可以阻止一些食物和樣品的風化和污染問題，大大降低了細菌的滋生率。
1、進行消毒的時候要選擇超凈工作臺或者無菌工作室里，這樣一來才能符合消毒之后不會再接觸到細菌，因為細菌是無處不在的，空氣中也到處都有細菌。
2、把需要進行處理的試品放到無菌均質袋，然后再放進無菌均質器中。
3、每次消毒時間要達到五分鐘，如果低于五分鐘那么消毒效果不好，超過五分鐘就造成資源浪費，而且耽誤時間。
4、然后無菌均質袋用了就扔掉。
以上是使用無菌均質器的大致步驟，然后使用完后如何處理無菌均質器呢，是不是只要擱置在那里就行了呢?回答是否定的，接下來讓我們再來了解一下。
無菌均質器密封比較差，使用一天后，布屑、線毛、灰塵等污垢，就會布滿針板下面、彎針兩旁、主軸周圍等處，這些污垢積累多了，就會使機器運轉沉滯，磨損增大。因此，每天都要用毛刷、軟布將機器內的污垢擦掉。
與此同時，要了解無菌均質器的性能，正確使用包縫機，不要縫過硬、過厚的縫料，不要超速運轉，不要加植物油。
撞斷機針，容易引起新的故障。縫紉時，先調好線跡的長度和送布牙的高低，然后兩手扶持縫料前進。無特殊情況，不要用手拉縫料，以免撞斷機針。聽到無菌均質器聲音不正常時，應立即停車檢修。遇到機器轉動困難時，應找出原因，修好再用，不可帶病運轉。
無菌均質器僅機頭部分就有三十多個加油點。凡是軸和孔配合之處(包括軸位螺絲、圓錐螺絲、銷軸等)以及所有活動關節(jié)，都要加注干凈的無菌均質器油。
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